После взрыва на чернобыльской АЭС многое пошло не так. Год за годом стали происходить различные мутации. Ей подвергались люди, животные, растения. Стали появляться организмы, неизвестные людям. Эвакуировать удалось не всех. Кто-то оставался жить в этом жутком месте. Каждый день был как испытание.

Однажды группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Большая часть группы погибла, остались в живых лишь единицы. "Благодаря" этой группе Зона стала ещё больше подвергаться аномальным явлениям.
Изменения известной сталкерам карты Зоны нарушает хрупкий баланс сил в Зоне. Между группировками разгорается вражда за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Больше нет старых врагов или друзей – теперь каждый сам за себя.

В 2010-ом году в Чернобыль прибывают учёные, которые организовывают в одном из зданий свой штаб. Там они ставят опыты на людях, подвергая их различным мутациям. Эти люди не могут сбежать, их используют в своих личных целях. Главная цель учёных, это уничтожение всех людей, проживающих в Зоне и захват власти над различными мутантами. Учёные могут схватить любого человека и подвергнуть опытам в своём штабе.

Что ждет сталкеров в открывшихся глубинах Зоны? Какие новые опасности таятся на новых территориях? Сможете ли вы здесь выжить и установить свои правила? Всё зависит только от вас.
Действия игры происходит в 2011-ом году.